Après un combat acharné, Naruto arrive à terrasser les Pain. Mais il reste l'original, celui qui menace le village et veut détruire le système des shinobis... Naruto décide d'aller l'affronter ...
Un Ermite crapaud porte à Konoha un message codé de Jiraya annonçant qu'il est tombé au combat. Naruto semble ne pas pouvoir accepter la mort du Maître. Pourtant, de nombreux défis attendent ...