La nouvelle génération de super-héros débarque enfin !
Cernés par l'escadron Genesis, les seconde A et B tentent tant bien que mal d'échapper à leurs assaillants, mais leurs professeurs sont trop peu nombreux pour tous les protéger... Eraser Head prend alors la lourde décision d'autoriser les élèves à se battre !
Après Muscular, terrassé par Izuku, deux nouveaux ennemis sont vaincus. C'est à ce moment que Katsuki, qui était la cible de l'assaut, est capturé par un mystérieux super-vilain ! Et il n'est pas le seul : Fumikage aussi a disparu... Leurs camarades parviendront-ils à les sauver ?
Le ministère de la Défense envoie un nouveau professeur dans la classe E afin d'assassiner M. Koro une bonne fois pour toutes.
Ce nouveau professeur remplace Karasuma et entraîne les élèves à l'art de l'assassinat, mais ses méthodes d'enseignement sortent quelque peu de l'ordinaire !
Fort de l'amour que lui ont transmis ses parents, Naruto franchit un nouveau cap sur la voie du ninja : il peut désormais contrôler le pouvoir du Démon-Renard qui sommeille en lui. C'est ainsi qu'il détecte la présence de Kisame, qui s'était habilement caché dans le sabre « Peau de Requin ». L'espion d'Akatsuki tente alors la fuite. Si son rapport parvient à ses chefs, c'est toute la stratégie de la coalition qui sera mise en péril. Mais voilà que l'Ombrageuse Panthère de Jade se dresse sur le chemin du terrible squale pour la troisième fois !
Yamato, un membre des services spéciaux, a été choisi pour remplacer Kakashi à la tête de son unité, le temps de son hospitalisation !
Le jeune Saï se joint également à l'équipe, à la place de Sasuke. Il appartient à la Racine, une organisation clandestine infiltrée dans les services spéciaux ! Mais son accueil est difficile : Saï semble incapable de ressentir la moindre émotion, ce qui a le don d'irriter Naruto et Sakura ! Comment se passera leur coopération ?