La nouvelle génération de super-héros débarque enfin !
Cernés par l'escadron Genesis, les seconde A et B tentent tant bien que mal d'échapper à leurs assaillants, mais leurs professeurs sont trop peu nombreux pour tous les protéger... Eraser Head prend alors la lourde décision d'autoriser les élèves à se battre !
Après Muscular, terrassé par Izuku, deux nouveaux ennemis sont vaincus. C'est à ce moment que Katsuki, qui était la cible de l'assaut, est capturé par un mystérieux super-vilain ! Et il n'est pas le seul : Fumikage aussi a disparu... Leurs camarades parviendront-ils à les sauver ?
Après un combat acharné, Naruto arrive à terrasser les Pain. Mais il reste l'original, celui qui menace le village et veut détruire le système des shinobis... Naruto décide d'aller l'affronter seul ! Sortira-t-il vainqueur de ce dernier combat ?
S'étant attelé à acquérir une nouvelle technique de niveau S pour dépasser le 4e Hokage, Naruto entame la phase finale de son entraînement...
Entre-temps, l'unité d'Asuma finit par débusquer les hommes d'Akatsuki en maraude dans le Pays du Feu. Shikamaru et ses amis passent à l'attaque, et malgré le bref avantage conféré par la surprise, ils se retrouvent très vite en difficulté face aux terrifiants pouvoirs de leurs adversaires...
La phase qualificative pour la troisième épreuve atteint l'apothéose avec le combat entre Lee et Gaara. Face à un redoutable adversaire qui peut commander au sable contenu dans sa jarre, Lee n'a pour seul atout que son Taijutsu, qu'il a cependant pu élever à un niveau sur-humain. Pourra-t-il inquiéter Gaara?!
Naruto et ses compagnons forcent l'entrée du repaire d'Akatsuki pour se trouver face à un Gaara méconnaissable aux mains de ses geôliers ! Débordant de rage, Naruto se rue sur Deidara, qui parvient malgré tout à s'échapper. Sakura et la vieille Chiyo se retrouvent alors seules dans la grotte face au redoutable Sasori. Parviendront-elles à lui barrer la route ?
Naruto et Bee ont toutes les peines du monde face aux six Bijûs que déploie Madara. Ils sont rejoints par Kakashi et Gaï, mais voici que Yonbi engloutit Naruto ! Dans les entrailles du Démon à Queues, Naruto se retrouve nez à nez avec un gorille nommé Son Gokû ?! Sasuke, de son côté, passe enfin à l'action !!
Naruto exécute l'Orbe Shuriken ! Grâce à cette technique que même le 4e Hokage n'avait jamais totalement maîtrisée, Naruto viendra-t-il à bout du terrible Kakuzu !
Pendant ce temps, Sasuke affronte Orochimaru ! Qui du maître ou de l'élève survivra à ce combat d'une sauvagerie inouïe ?!