“Le joueur Kyoda demande votre aide ! Rejoignez vous aussi le Darwin’s Game et volez à son secours !” La vie de Kaname Sudo bascule le jour où ces quelques mots a priori inoffensifs s’affichent sur son portable. Il a le malheur d’accepter l’invitation. Aussitôt mordu au cou par un serpent virtuel surgi de l’écran, il est désormais l’esclave d’un jeu impitoyable, le Darwin’s Game, véritable arène urbaine dans laquelle des participants interconnectés via un réseau social s’affrontent dans des duels à mort. Très vite, le lycéen doit se rendre à l’évidence : même s’il essaie de se soustraire au jeu, ses adversaires, attirés par l’appât du gain et le frisson du combat, sont prêts à tout pour le retrouver…
Un Ermite crapaud porte à Konoha un message codé de Jiraya annonçant qu'il est tombé au combat. Naruto semble ne pas pouvoir accepter la mort du Maître. Pourtant, de nombreux défis attendent encore notre jeune héros et non des moindres !
Le combat entre Jiraya et Pain se poursuit. Jiraya est sur le point de découvrir la véritable identité de son terrible adversaire qui, selon la prophétie, serait l'un de ses disciples. Mais lequel ? Nagato ? Yahiko ? Dans le même temps, Sasuke a enfin retrouvé Itachi. Une lutte fratricide et titanesque va s'engager...