Deux ans ont passé... Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha !! Pourtant, la joie des retrouvailles sera de courte durée. On apprend, avec stupeur, que l'effroyable organisation Akatsuki a surgi de l'ombre pour attaquer Gaara, devenu Kazekage !!
En vue des examens de fin de trimestre, le proviseur Asano décide de prendre en main la classe A ! Mais son fils, Gakushu, voyant l'ambiance anormale qui est en train de s'installer dans sa classe qui voue une haine farouche à la classe E, va faire une étonnante demande aux élèves de M.Koro !