Yamato, un membre des services spéciaux, a été choisi pour remplacer Kakashi à la tête de son unité, le temps de son hospitalisation !
Le jeune Saï se joint également à l'équipe, à la place de Sasuke. Il appartient à la Racine, une organisation clandestine infiltrée dans les services spéciaux ! Mais son accueil est difficile : Saï semble incapable de ressentir la moindre émotion, ce qui a le don d'irriter Naruto et Sakura ! Comment se passera leur coopération ?
Koridwen, Jules, Stéphane, Yannis ont entre 15 et 18 ans. Ils ont survécu au virus U4, qui a décimé 90 % de la population mondiale. Ils ne se connaissent pas, mais ils sont en route vers le même rendez-vous.
"JE M'APPELLE KORIDWEN. Je suis la dernière survivante du hameau de Menesguen. J'ai décidé de me rendre à Paris. 541 kilomètres en tracteur, c'est de la folie, mais toute seule ici je suis trop vulnérable. Ma grand-mère m'a toujours dit que j'aurais un destin exceptionnel. C'est le moment de le vérifier. "