Les examens battent leur plein sur fond de défi entre la classe E et la classe A. Toutes les matières sont bonnes pour dominer son adversaire. Les élèves de la classe E vont néanmoins devoir triompher coûte que coûte. En jeu ? L'assassinat de Koro sensei.

Pendant les vacances d'été, la classe E a été victime d'une attaque bioterroriste. Afin de récupérer l'antidote, les élèves non infectés décident de s'infiltrer dans l'hôtel où se trouve le criminel. Pourront-ils mettre en pratique leurs techniques d'assassinat face à des véritables tueurs ?!

Nagisa laisse exploser sa colère face à Takaoka qui vient de détruire l'antidote devant ses yeux. Mais, en attaquant de front, le jeune garçon ne peut utiliser ses techniques d'assassinat et se retrouve vite dominé. La technique fatale que lui a enseignée Lovro pourra-t-elle renverser la situation ?

Kawaki commence à s'habituer à la vie du village de Konoha. Boruto a un mauvais pressentiment... Au même moment, le kâma de Kawaki se transforme, et Jigen en sort !! L'affrontement entre Naruto et Jigen commence...

Kawaki, Boruto, Mitsuki et Sarada passent à l'action pour secourir Naruto, retenu prisonnier dans une autre dimension. Cependant, sur place, Boro, les y attend !! Les quatre amis sont désemparés face aux capacités surprenantes et au ninjutsu de Boro. Quelle sera leur stratégie pour sortir de cette situation désespérée ?!

Momoshiki a aspiré Kinshiki, et sa nouvelle apparence ne présage rien de bon ! Sa force écrasante met à mal les Cinq Kage. Malgré le duo superfort que forment Naruto et Sasuke, un évènement inattendu survient. Boruto détient la clé pour sortir de cette situation plus que critique !! Quelle est la technique secrète que lui transmet son maître Sasuke ?!

Boruto est chargé d'une nouvelle mission : assurer la protection de Tentô. Au début, Boruto supporte mal son attitude d'enfant gâté et ses caprices. Cependant, les deux jeunes se rapprochent peu à peu grâce aux cartes à collectionner et aux shuriken. Mais Tentô se fait kidnapper et Boruto part seul à sa recherche...

Une nouvelle génération de ninjas débarque à Konoha !

L'ex-shinobi, Ao, se dresse devant Boruto et ses amis ! Boruto et les autres ne peuvent rien faire contre le puissant AO doté d'outils scientifiques ninjas. Boruto a-t-il un plan pour sortir de cette situation désespérée ?

Boruto rencontre Kawaki, un garçon qui porte le même sceau, Kâma, que le sien. Mais Kara, le groupe de personnes à la poursuite de Kawaki, le retrouve. Lors de l'affrontement, Kawaki semble en mauvaise posture...

Kawaki est prisonnier des traumatismes du passé liés à son Kâma. Cependant, petit à petit, en vivant chez Boruto, son coeur commence à s'ouvrir. C'est alors que le noyau dur de Kara, qui poursuit Kawaki, s'introduit dans le village caché de Konoha ! De nouveau, de redoutables ennemis sont prêts à attaquer! !