Deux ans ont passé... Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha !! Pourtant, la joie des retrouvailles sera de courte durée. On apprend, avec stupeur, que l'effroyable organisation Akatsuki a surgi de l'ombre pour attaquer Gaara, devenu Kazekage !!

Naruto et ses amis se dirigent vers le repaire de l'Akatsuki pour sauver Gaara, prisonnier de l'infâme organisation ! Mais Itachi se dresse sur leur chemin ! Au même moment, Kisame apparaît devant le groupe de Gaï, parti en renfort ! Que va-t-il advenir de Gaara ?

Naruto et ses compagnons forcent l'entrée du repaire d'Akatsuki pour se trouver face à un Gaara méconnaissable aux mains de ses geôliers ! Débordant de rage, Naruto se rue sur Deidara, qui parvient malgré tout à s'échapper. Sakura et la vieille Chiyo se retrouvent alors seules dans la grotte face au redoutable Sasori. Parviendront-elles à lui barrer la route ?

Le combat qui oppose Sakura et Chiyo à Sasori approche de sa conclusion ! Après une résistance farouche, nos amies sont poussées dans leurs retranchements. Le marionnettiste qui a fait de son propre organisme un pantin est bien décidé à en finir ! De son côté, Kakashi, accompagné de Naruto, voit son Sharingan évoluer. Cela suffira-t-il à assurer la victoire sur Deidara ?!