"Le Joueur Kyoda demande votre aide ! Rejoignez vous aussi le Darwin's Game et volez à son secours ! " La vie de Kaname Sudo bascule le jour où ces quelques mots a priori inoffensifs s'affichent sur son portable. Il a le malheur d'accepter l'ivitation. Aussitôt mordu au cou par un serpent virtuel surgi de l'écran, il est désormais l'esclave d'un jeu impitoyable, le Darwin's Game, véritable arène urbaine dans laquelle des participants interconnectés via un réseau social s'affrontent dans des duels à mort. Très vite, le lycéen doit se rendre à l'évidence : même sil essaie de se soustraire au jeu, ses adversaires, attirés par l'appât du gain et le frisson du combat, sont prêts à tout pour le retrouver...
Yamato, un membre des services spéciaux, a été choisi pour remplacer Kakashi à la tête de son unité, le temps de son hospitalisation !
Le jeune Saï se joint également à l'équipe, à la place de Sasuke. Il appartient à la Racine, une organisation clandestine infiltrée dans les services spéciaux ! Mais son accueil est difficile : Saï semble incapable de ressentir la moindre émotion, ce qui a le don d'irriter Naruto et Sakura ! Comment se passera leur coopération ?