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Après un combat acharné, Naruto arrive à terrasser les Pain. Mais il reste l'original, celui qui menace le village et veut détruire le système des shinobis... Naruto décide d'aller l'affronter seul ! Sortira-t-il vainqueur de ce dernier combat ?

Sasuke abandonne ses compagnons et quitte Konoha. A-t-il offert son âme à Orochimaru ? Le nouveau Hokage ordonne à Shikamaru, récemment promu ninja de "moyenne classe", de convoquer Naruto, Neji, Kiba et Chôji pour former un commando. Ces cinq jeunes combattants (et un chien) se lancent donc à la poursuite de Sasuke.!

Yamato, un membre des services spéciaux, a été choisi pour remplacer Kakashi à la tête de son unité, le temps de son hospitalisation ! Le jeune Saï se joint également à l'équipe, à la place de Sasuke. Il appartient à la Racine, une organisation clandestine infiltrée dans les services spéciaux ! Mais son accueil est difficile : Saï semble incapable de ressentir la moindre émotion, ce qui a le don d'irriter Naruto et Sakura ! Comment se passera leur coopération ?