S'étant attelé à acquérir une nouvelle technique de niveau S pour dépasser le 4e Hokage, Naruto entame la phase finale de son entraînement... Entre-temps, l'unité d'Asuma finit par débusquer les hommes d'Akatsuki en maraude dans le Pays du Feu. Shikamaru et ses amis passent à l'attaque, et malgré le bref avantage conféré par la surprise, ils se retrouvent très vite en difficulté face aux terrifiants pouvoirs de leurs adversaires...

Naruto est totalement accaparé par son entraînement, quand il reçoit la terrible nouvelle de la mort d'Asuma ! L'unité 10 n'a pourtant pas le temps de verser de larmes, elle part aussitôt à la rencontre des membres d'Akatsuki qui ont pénétré le village de Konoha ! Mis en difficulté par la stratégie de Shikamaru, Kakuzu va devoir dévoiler ses effroyables pouvoirs !

Naruto exécute l'Orbe Shuriken ! Grâce à cette technique que même le 4e Hokage n'avait jamais totalement maîtrisée, Naruto viendra-t-il à bout du terrible Kakuzu ! Pendant ce temps, Sasuke affronte Orochimaru ! Qui du maître ou de l'élève survivra à ce combat d'une sauvagerie inouïe ?!

Pour parvenir à ses fins, Sasuke n'hésite pas à enrôler dans son unité Jûgo, le porteur naturel de la marque maudite ! Mais Konoha et Akatsuki, qui suivent de près les manoeuvres du jeune renégat, renforcent leur dispositif de défense. Naruto se met en marche à la tête d'une nouvelle unité chargée de localiser Itachi, la cible de Sasuke !!

Deidara, bien décidé à en finir, déploie les grands moyens grâce à son C 4 Garuda ! Persuadé de la puissance de son arme, il croit que ses nano-bombes ont désintégré Sasuke. Mais c'était sans compter sur les fabuleuses pupilles du jeune Uchiwa, qui lui permettent de voir l'invisible ! Acculé, le membre d'Akatsuki décide de déployer sa technique ultime !!

Pain et Konan, membres d'Akatsuki, se lancent sur la piste de Jiraya qui s'est infiltré dans le village caché de la Pluie ! On apprend alors que le mystérieux Pain est en fait une vieille connaissance de Jiraya ! Mais quel est donc le lien qui le rattache au vieux ninja de Konoha ? Et de quels effroyables pouvoirs ce dieu autoproclamé est-il doté ?

Le combat entre Jiraya et Pain se poursuit. Jiraya est sur le point de découvrir la véritable identité de son terrible adversaire qui, selon la prophétie, serait l'un de ses disciples. Mais lequel ? Nagato ? Yahiko ? Dans le même temps, Sasuke a enfin retrouvé Itachi. Une lutte fratricide et titanesque va s'engager...

Sasuke a provoqué la « Lumière Céleste » d'Itachi afin de déclencher une technique imparable ! Sous un ciel couvert de nuages, Sasuke lance son attaque ! Viendra-t-elle à bout de son frère ?! Trop longtemps retardés par Akatsuki, Naruto et ses compagnons sont résolus à se débarrasser de Tobi dans un ultime défi.

Un Ermite crapaud porte à Konoha un message codé de Jiraya annonçant qu'il est tombé au combat. Naruto semble ne pas pouvoir accepter la mort du Maître. Pourtant, de nombreux défis attendent encore notre jeune héros et non des moindres !

Ses compagnons étant balayés par un immense Chakra, comment Sasuke, acculé, réagira-t-il ? Tandis que Naruto s'applique de toutes ses forces à maîtriser l'art des ermites sur le Mont Myôboku, Konoha fait face à la plus grande menace de son histoire !

Les Pain sont au village à la recherche de Naruto. Les shinobis de Konoha ont bien du mal à faire face. Kakashi devra livrer un combat sans merci contre eux afin de défendre le village !

Naruto contre-attaque en mode ermite avec rage et détermination, et l'ennemi semble plier sous ses coups. Mais la puissance de Pain paraît infinie... Pour briser les chaînes de la haine, Pain veut imposer au monde sa propre justice ! Quelle sera la réponse de Naruto ?