Japon, de nos jours. Un jeune garçon se rend à la bibliothèque municipale. Jusqu'ici, rien que de très banal, le garçon est scrupuleux, il rend toujours ses livres à l'heure. Cette fois, pourtant, c'est d'abord l'employée qui l'envoie dans une salle qu'il ne connaissait pas. C'est un vieil homme, ensuite, qui le mène par les méandres d'un labyrinthe dans ce qui semble bien être une prison. C'est un homme-mouton qui l'y attend, qui aimerait bien l'aider mais qui redoute le pouvoir du gardien des livres. Enfin, c'est une frêle jeune fille muette qui va l'aider à se libérer de cette bien étrange bibliothèque...
Naruto et ses compagnons ont trouvé une faille dans la stratégie de l'homme masqué ! Après avoir découvert que sa technique de dématérialisation était reliée à "la Majesté Divine", Kakashi sent un malaise sourd le gagner. Naruto, de son côté, démontre toujours une foi inébranlable en ses amis. Il parvient à toucher l'ennemi et à lui arracher son masque.
Le ministère de la Défense envoie un nouveau professeur dans la classe E afin d'assassiner M. Koro une bonne fois pour toutes.
Ce nouveau professeur remplace Karasuma et entraîne les élèves à l'art de l'assassinat, mais ses méthodes d'enseignement sortent quelque peu de l'ordinaire !