Deux ans ont passé... Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha !! Pourtant, la joie des retrouvailles sera de courte durée. ...
Les Pain sont au village à la recherche de Naruto. Les shinobis de Konoha ont bien du mal à faire face. Kakashi devra livrer un combat sans merci contre eux afin de défendre le village !