Le complot de Baroque Works semble fonctionner à merveille  : l&rsquo armé e royale et la ré bellion sont dé sormais sur le point de s&rsquo engager dans un violent affrontement  ! Conscients qu&rsquo il leur faut stopper la ré bellion au plus vite, Luffy et son é quipage se rendent au quartier gé né ral de Mr 0, à Rainbase, mais celui-ci leur tend un piè ge et parvient à les faire prisonniers  !
Alors que l'on prépare la célébration de l'avènement du 5e Hokage, Tsunade, elle, retrouve Konoha, son village. Ses techniques de guérison employées sur Sasuke ne tardent pas faire reculer le mal. Mais stupeur! À peine remis, celui-ci provoque Naruto en combat singulier!! Les deux ninjas vont-ils réellement s'affronter ?
Ses compagnons étant balayés par un immense Chakra, comment Sasuke, acculé, réagira-t-il ? Tandis que Naruto s'applique de toutes ses forces à maîtriser l'art des ermites sur le Mont Myôboku, Konoha fait face à la plus grande menace de son histoire !
Yamato, un membre des services spéciaux, a été choisi pour remplacer Kakashi à la tête de son unité, le temps de son hospitalisation !
Le jeune Saï se joint également à l'équipe, à la place de Sasuke. Il appartient à la Racine, une organisation clandestine infiltrée dans les services spéciaux ! Mais son accueil est difficile : Saï semble incapable de ressentir la moindre émotion, ce qui a le don d'irriter Naruto et Sakura ! Comment se passera leur coopération ?
Une ravissante professeur d'anglais est affectée à la classe E. Mais la jeune femme est en réalité une tueuse professionnelle qui va user de ses charmes pour se rapprocher de la cible !! L'assassinat de M. Koro réussira-t-il cette fois-ci ?!
Sasuke, Sakura et Naruto passent un test dont le but est de s'emparer de clochettes que détient le professeur Kakashi. Il leur fait bien réaliser leur infériorité et leur manque d'expérience et finit par leur annoncer qu'ils n'ont aucune chance de devenir ninjas...
Le ministère de la Défense envoie un nouveau professeur dans la classe E afin d'assassiner M. Koro une bonne fois pour toutes.
Ce nouveau professeur remplace Karasuma et entraîne les élèves à l'art de l'assassinat, mais ses méthodes d'enseignement sortent quelque peu de l'ordinaire !
Même les cinq Kage réunis ne parviennent pas à faire plier Madara tant la puissance qu'il déploie est phénoménale... Tsunade prend alors la résolution d'enfreindre les préceptes du Ninjutsu Médical !
De leur côté, Itachi et Sasuke affrontent Kabuto afin d'interrompre Edotensei !
Les deux frères s'engagent côte à côte dans une lutte dont l'issue pourrait constituer un véritable tournant dans la guerre !