Une ravissante professeur d'anglais est affectée à la classe E. Mais la jeune femme est en réalité une tueuse professionnelle qui va user de ses charmes pour se rapprocher de la cible !! L'assassinat de M. Koro réussira-t-il cette fois-ci ?!
Avant la tenue de la troisième épreuve, Naruto commence son entraînement sous la tutelle du mystérieux ermite des crapauds. Dosu, qui a provoqué Gaara en duel, est terrassé en un instant sous les yeux de Kabuto et de... Baki, le ninja de rang supérieur du pays du sable !! Quel effroyable complot fomentent-ils ?!
S'étant attelé à acquérir une nouvelle technique de niveau S pour dépasser le 4e Hokage, Naruto entame la phase finale de son entraînement...
Entre-temps, l'unité d'Asuma finit par débusquer les hommes d'Akatsuki en maraude dans le Pays du Feu. Shikamaru et ses amis passent à l'attaque, et malgré le bref avantage conféré par la surprise, ils se retrouvent très vite en difficulté face aux terrifiants pouvoirs de leurs adversaires...
À peine revenu d'entre les morts, Yuji doit s'entraîner dur pour rattraper son retard et espérer atteindre le niveau des autres apprentis exorcistes. En effet, depuis qu'il est devenu le réceptacle de Sukuna, il est la cible de toutes les convoitises ! Heureusement, Satoru a réservé un programme choc à son nouvel élève... Megumi et Nobara sont pendant ce temps mis à l'épreuve par deux étudiants venus de l'école d'exorcisme de Kyoto... et le moins que l'on puisse dire, c'est que le tournoi organisé entre les deux établissements promet d'être explosif !
Yamato, un membre des services spéciaux, a été choisi pour remplacer Kakashi à la tête de son unité, le temps de son hospitalisation !
Le jeune Saï se joint également à l'équipe, à la place de Sasuke. Il appartient à la Racine, une organisation clandestine infiltrée dans les services spéciaux ! Mais son accueil est difficile : Saï semble incapable de ressentir la moindre émotion, ce qui a le don d'irriter Naruto et Sakura ! Comment se passera leur coopération ?