Pain et Konan, membres d'Akatsuki, se lancent sur la piste de Jiraya qui s'est infiltré dans le village caché de la Pluie ! On apprend alors que le mystérieux Pain est en fait une vieille connaissance de Jiraya ! Mais quel est donc le lien qui le rattache au vieux ninja de Konoha ? Et de quels effroyables pouvoirs ce dieu autoproclamé est-il doté ?
"Sur l'avenir, tout le monde se trompe. L'homme ne peut être sûr que du moment présent. Mais est-ce bien vrai ? Peut-il vraiment le connaître, le présent ? Est-il capable de le juger ? Bien sûr que non. Car comment celui qui ne connaît pas l'avenir pourrait-il comprendre le sens du présent ? Si nous ne savons pas vers quel avenir le présent nous mène, comment pourrions-nous dire que ce présent est bon ou mauvais, qu'il mérite notre adhésion, notre méfiance ou notre haine ?"