وتدور أحداث رواية التنظيم السري حول رحلة الإنسان مع الإيمان. ففي البداية يلتزم الشخص بأوامر دينه الذي يعتنقه دون فهم، يلتزم بالأمر ويجتنب النهي وفقط.
ثم تأتي بعدها مرحلة الاقتناع الحقيقي بالأوامر الدينية ومرحلة حب الدين. ثم ينتهي به الأمر بأن يرى الكون كله كوحدة واحدة داخل الدين. و في أثناء هذه الرحلة ينتقل الإنسان من كونه إنسان شهواني إلى مرحلة التقرب من الله